于是，在成吉思汗去世、忽里台大会召开前的两年内，按照蒙古习俗，蒙古最高权力由成吉思汗幼子拖雷代掌（也即汉语中的‘监国’）。拖雷监国二年（1229年），全体蒙古宗王和贵族大臣们齐聚斡难河畔，召开忽里台大会，按照成吉思汗的遗嘱推选窝阔台继任蒙古大汗，窝阔台这才得以继承蒙古汗位。窝阔台汗三年（1232年），蒙哥的生父拖雷病逝，窝阔台让养子蒙哥返回本支，去继承拖雷的一部分封地。
窝阔台汗六年（1235年），蒙古第二次西征，由成吉思汗长孙拔都作为统帅，身为拖雷长子的蒙哥也从军出征，和窝阔台长子贵由一起，随拔都西征欧亚的钦察、斡罗思等地，征途中屡立战功、得到窝阔台汗的称赞。窝阔台汗十二年（1241年），蒙古第二任大汗窝阔台因饮酒过量而中风，随即在谔特古呼兰山游猎处去世，年五十六。
当时窝阔台长子贵由及养子蒙哥等人还在西征途中，来不及返回，于是窝阔台汗之妻乃马真皇后听从亲信谏言，以汉法“称制”，暂时维系汗权。其实窝阔台生前并不喜欢长子贵由，而是准备把汗位传给第三子阔出，阔出过早去世后，窝阔台又想传位给阔出之子失烈门，但还来不及正式立失烈门为汗储，窝阔台就去世了。阔出不是乃马真皇后所出，所以窝阔台去世后，乃马真皇后没有遵循窝阔台的遗愿，立皇孙失烈门为汗，而是自己“称制”，让汗位暂时空缺，等贵由出征归来后，再通过忽里台大会，推选亲儿子贵由为大汗。
从窝阔台汗十二年（1241年），窝阔台汗去世开始，至乃马真称制五年（1246年）为止，乃马真皇后共称制五年，以等待忽里台大会召开（蒙古宗王和贵族大臣们从各地赶到和林需要时间）。乃马真称制五年（1246年），宗王和贵族们终于赶到和林附近的夏季营地达兰达葩，在这里召开忽里台大会，会上贵由被一致推举为汗位继承人，成为蒙古第三任大汗。
因为对由贵由继承汗位不满，所以拔都没来参加忽里台大会，也就是不承认贵由的汗位。贵由即位后，对拔都怀恨在心，一直想要出兵讨伐这个不听话的堂兄。于是，贵由汗元年（1247年）秋，贵由发布了西巡的诏令，准备借此对不听号令的拔都进行征伐。经过半年准备，贵由汗二年（1248年），贵由率军从和林出发，开始西巡，同时准备发起对拔都的讨伐。
但天意弄人，就在贵由行军至横相乙儿（新疆额敏县）时，他突然患病，并很快在当地去世，没有留下传位遗言。其妻海迷失皇后（皇后之名也系后世追尊）学着婆婆乃马真皇后的样子，同样宣布“称制”，并将当年窝阔台汗指定的继承人失烈门作为储君人选推到前台，以待日后召开忽里台大会时予以确认。得到贵由去世的消息后，远在西边钦察草原的拔都立即展开行动，不但拒绝为贵由奔丧，还以长支宗王的身份（拔都是成吉思汗长孙、术赤的长子）出面邀请其他宗王、贵族大臣到他在钦察草原的驻地来参加由他召开的忽里台大会，商议推举新汗人选。
