明宪宗痛心不已，追谥早逝的次子为“悼恭太子”（在民间野史、及清朝编纂的《明史》中，都将悼恭太子的夭折归于贵妃万氏的阴谋所致，不过此事没有实证）。成化五年（1470年）九月，明宪宗在偶然查看藏书阁（即小金库）时，对管理内库的宫女纪氏（广西瑶族土司之女，因家族作乱，明军平叛后纪氏被没入宫中为宫女）产生了兴趣，兴致盎然之下宠幸了纪氏。
纪氏因此有孕，于成化六年（1470年）七月诞育了明宪宗的第三子。对皇三子的降生以及幼年遭遇，《明实录》和《明史》的记载相互矛盾，但根据更加真实的《明实录》记载来看，明宪宗事先是知道皇三子的存在、心知肚明的，但他为了照顾万贵妃的情绪，于是没有公开此事，刻意隐瞒了皇三子已经出生的消息（明史的记载则是我们所熟知的——皇三子被偷偷生下、为了躲避万贵妃的迫害而东躲西藏、六岁都没有剪胎发）。
直到成化十一年（1475年）四月，宪宗鉴于皇宫失火、乾清门被损坏，认为上天以此警示他，于是才向朝野宣布了皇三子早已出生之事，同时为皇三子起名为朱祐樘。当年十一月，朱祐樘被立为皇太子（具体内容，请阅我之前的文章《亦非阴鸷之谋、徒以恃宠溺爱——万贵妃和孝穆纪太后的那段史实》）。《明史》的记载——成化二十一年（1485年）三月，明宪宗在万贵妃的挑唆下，试图废黜皇太子朱佑樘、以皇四子朱祐杬代替。
但在朝中重臣、贤德宦官、及皇太后周氏的强烈反对下没有能够办成。同时泰山发生地震、表示上天在对此事加以警告，明宪宗心中惶恐，就此打消了更换储君的心思。“阴谋”没能得逞，使得万贵妃怒羞交加、又无可奈何。本来万贵妃就已年老（年过五十了），再加上心气郁积、气闷难消，所以心疾转为病症，且逐渐加重，久久不能痊愈。
两年后，成化二十三年（1487年）正月，万贵妃因病去世，年五十八岁（《明史》的记载，也就当看个故事罢了，清朝编纂的史书，能对明朝有客观评价么）。明宪宗自两岁起，就由万贞儿（万贵妃）加以照顾、抚育，三十多年来早就习惯了万贵妃的细心侍候、贴身陪伴，即使万贵妃已经年老体衰，明宪宗也并不觉得有什么不满，时刻不离其左右，一定要看见万贵妃才安心。
所以，万贵妃因病去世后，明宪宗如同失魂落魄一样，精神萎靡、魂不守舍、做什么事情都失去了兴趣，还多次独自一人喃喃自语：“万侍长走了，吾亦将去矣。”正月之后，明宪宗的身体状况日渐衰弱，情绪不振，心疾严重。成化二十三年（1487年）四月，知道自己时日已经不多的明宪宗强打起精神，为皇太子朱祐樘挑选了河间府兴济县国子监监生张峦之女张氏为太子妃，给儿子儿媳举行了盛大的婚礼，了却了一桩最大的心事（当年宪宗之父英宗也是想亲自给儿子举行大婚礼仪，但就在正式举行大典的半年前，明英宗却驾崩了，导致宪宗登基后才举行大婚，这也是明宪宗一生中最大的憾事。
