三公各置秩为千石之长史一人，又各置掾属数十人。以太尉为例，下有分管诸事的西曹、东曹、户曹、奏曹、辞曹、贼曹、金曹、仓曹等曹。三公府当时简称为三府。三公中仍以太尉居首位。汉光武帝刘秀推行更极端的帝王集权，不使权归大臣，名义上仍设名位显贵的三公官，但实权渐归尚书台。和帝、安帝开始，外戚、宦官更更迭专权。外戚窦宪、梁冀等，都拜为大将军，大将军开府置官属，位在三公上。
三公不仅受制于尚书，而目还要俯首听命于外戚、宦官，有的甚至就是他们的党羽和亲信。按照经学家的说法，丞相辅佐天子理阴阳、顺四时，如果出现各种灭异，皇帝丞相都要引咎自责。东汉时，皇帝犯罪责推向三公，故每有水旱等灾，三公常被策免。所以仲长统说三公有名无实，“备员而己”。东汉末年董卓为相国，居三公之上。公元208年，曹操罢去三公而又置丞相、御史大夫，操自为丞相。
两汉时实行了两百年之久的三公制至此遂告终止。曹魏重新恢冥三公之制。在魏晋南北朝时期，三公依然位居极品，且开府置僚佐。但买权则进一步向尚书机构转移。至隋，三公不再开府，僚佐全部撤销，完全变成虚衔或“优崇之位”。宋代以后，往往亦称太师、太傅、太保为三公，但其虚衔性质不变，并渐次演化成加官、赠官。明、清同。
九 卿秦汉时掌管政务、魏晋以后逐渐不具实权的朝廷诸官。各代“九卿”不一。西汉时九卿是列卿或众卿之意。先秦文献中有三公九卿之说，但秦并没有这种制度，西汉初也不见九卿名称。仅武帝以后由于儒家复古思想的影响，人们就以秩为中二千石一类的高官附会成古代九卿。宣帝、元帝时，九卿称谓出现于诏书中。但《汉书》中所见的卿，有太常、光禄勋、太仆、廷尉、大行、大鸿胪、宗正、大司农、少府、卫尉、执金吾、右内史、左向史、主爵都尉、太子太傅等十几种官。
将九卿定为九种官职，则始于新，其制中以中二千石为卿。即以大司马司允、大司徒司直、大司空司若、羲和、作土、秩宗、典乐、共工、予虞为九卿，分属于三公。东汉和新一样，中央政府中设有九卿的官职。《续汉书》将太常、光禄勋、卫尉、太仆、廷尉、大鸿胪、宗正、大司农、少府定为九卿。九卿固定为九官后，和九卿相近的其他重要官员被排斥在九卿之外。
东汉末到三国，有人就试图为这种不合理的现象辩护。刘熙《释名》否认汉有九卿之说，认为所置是十二卿；韦昭《辩释名》则认为九卿是指正卿，九卿之外尚有所谓外卿。魏晋以后九卿多同东汉之制，仅廷尉有时改称大理；北魏改少府为太府。故隋唐九卿为太常、光禄、卫尉、宗正、太仆、大理、鸿胪、司农、太府，己无行政之权。南宋、金、元，九卿多有省并。
