内部的司法机构中又分为许多细小的部门。例如贼曹，主管抓捕盗贼；辞曹，提出诉讼案件；决曹，负责对判决进行执行；人恕掾，审理并作出判决。可见，汉朝时期，无论是中央还是地方司法机构都比较完备。五、三国两晋南北朝时期在三国两晋南北朝时期，是政治上比较混乱的时期，但是法律制度却得到了很好的完善。例如北齐时期的《北齐律》的制定，继承了秦汉法律的优点，又创立了中“重罪十条”和“五刑”制度,为隋唐的“十恶”和“五刑”奠定了基础。
在这一时期内，中央司法机构主要有廷尉、尚书和御史大夫，其中廷尉在北周时曾改为“大司寇”，北齐时曾改为“大理寺”，但不管称谓如何，其最高司法机关的地位不变。但是尚书的机构在这一时期逐渐加强，而相对廷尉的权利有所缩小，部分司法权转给了尚书。地方的司法机构同秦汉时相同，实行司法行政合一，由郡守、县令担任。六、隋唐时期隋唐时期的法律制度，是封建法制最完善、最具代表性的法律制度。
不仅有“十恶”、“五刑”等制度，还设立了“八议”、“官当”等法律制度。同样在司法机构上也是最完善的，形成了大理寺、刑部、御史台的三权分立式的司法审判制度。大理寺由原来廷尉转化而来，在北齐时期曾用过“大理寺”的称谓，是最高的司法审判机关，掌管审理全国处于流刑以上的案件。刑部负责复核大理寺所判流刑以上的案件。
御史台掌管监察文武百官。但也可参与冤案大案的审理。因此形成了大理寺的主管审判，刑部主管复核，御史台主管监察的司法审判制度。当然在三大司法机构的上面还有皇帝，主宰一切行政、司法、立法的权力。隋唐时期的地方司法机关仍然是地方的行政机关。例如在州（郡）一级中设立“曹参军”受理刑事案件，“司户参军”受理民事案件。
在县中设有司法佐、史协助县令处理刑、民案件。在县以下的乡、里、访、村中设立的乡官、里正、坊正、村正对管辖内的婚姻、土地等民事案件有审判权。七、宋朝宋朝的司法制度大多数沿用唐朝时期的制度，但也有一些不同之处。大理寺和刑部还是保持其职责不变，但是宋朝初期为了加强中央集权，设立了审刑院，又称为宫中审刑院，是宋朝初期的审判复核机关，同时也拥有的审判权和复核权。
因此削弱了刑部和大理寺的权利。在宋神宗熙宁三年后，审刑院被撤销，审判和复核的权利又回到了大理寺和刑部。御史台除了有唐朝时期的权利之外，还可以受理官员受贿的案件以及地方上诉的案件。另外宋朝还设立了登闻鼓院、登闻检院、理检院三个法定机关，专门受理直接向朝廷投诉的案件，以及上诉的冤案。八、元朝元朝是少数民族统治时期，在司法机构的设置上较混乱，沿用了唐宋的制度，但又加以删减。
中央司法机构设立大宗正府、刑部、宣政院。大宗正府是类似于大理寺的中央审判机关，刑部的复核职能不变，但同时又赋予部分审判职能。宣政院主要管理僧侣的案件。御史台的职能也不变。地方有省、路、府、州、县各级衙门，作为地方司法机构。九、明朝明朝将元朝废除的大理寺重新设置起来，但是其职责改为法律复核机关。刑部作为中央审判机关。
刑部的所有案件都必须由大理寺复核，可见刑部与大理寺的职能，正好与唐宋时期的相反。御史台改为都察院，其职责不变，仍是监察百官，参与审理大案，平反冤案。地方司法机构有省、府、县三级，主管所辖案件。十、清朝司法机构维持明朝的三个司法机构的设置，职责也差不多，但是刑部的审判权力更大，在三大司法机关中，以刑部为首，刑部不受大理寺和都察院的制约。
清朝时另设专门司法机关理藩院，处理少数民族事务。对于皇族内部的案件由宗人府和内务府中的慎刑司处理。地方司法机构设有省、府、县三级司法机构。通过以上的分析，可见在中国古代的司法机构，是中央专设司法机构，地方则是司法与行政合一的体制。因而从总体上可以说是司法与行政不分，即使是在中央专门设立了专职的司法机构，同样也是从属于行政，专职的司法机构不可能独立行使司法权，因为司法官员的任免都由皇上决定，而皇上是一个集立法、司法、行政权为一身的独特的个体，这就决定了在中国古代的司法机构是不可能独立的，同样司法权的行使也是不可能独立的。
东汉末年，董卓为相国，居三公之上。建安十三年 (208),曹操罢去三公而又置丞相、御史大夫，操自为丞相。两汉时实行了两百年之久的三公制，至此遂告终止。曹魏重新恢复三公之制。在魏晋南北朝时期，三公依然位居极品，且开府置僚佐。但实权则进一步向尚书 机构转移。至隋,三公不再开府,僚佐全部撤销，完全变成虚衔或“优崇之位”。
宋代以后，往往亦称太师、太傅、太保为三公，但其虚衔性质不变，并渐次演化成加官、赠官。明、清同。魏晋以后，九卿多同东汉之制，仅廷尉有时改称大理；北魏改少府为太府。故隋唐九卿为太常、光禄、卫尉、宗正、太仆、大理、鸿胪、司农、太府，已无行政之权。南宋、金、元，九卿多有省并(见卿监)。明、清遂改以吏、户、礼、兵、刑、工六部尚书，都御史，大理寺卿，通政司使为九卿,以前的九卿之官或有保留,但已成虚衔或加官、赠官。
