1898年6月15日，光绪颁布《国是诏书》，宣布变法开始。仅仅4天之后，慈禧出手。慈禧将光绪的老师、协办大学士、总理衙门大臣、户部尚书翁同龢革职，遣送原籍。仅仅听到这一系列官职与身份，就可以知道翁同龢在变法中的重要性。同时，明确规定二品以上官员的任免需要慈禧的同意。紧接着，慈禧开始一系列军事部署。将八旗出身的官僚荣禄调为直隶总督，并将几支具有战斗力的军队交给荣禄指挥（袁世凯新建陆军、董福祥甘军、聂士成武毅军）。
人事上、军事上，维新派没有任何凭借，且多有偏激、不切实际且激化矛盾的举措。手腕自然无法与封建权力斗争经验丰富的慈禧相抗衡。维新派所依靠的只有光绪的支持。作为回击与支持，光绪迅速罢免了一干阻碍变法的官员。这最终导致慈禧秘密从颐和园回京，发动戊戌政变，重新临朝训政。而光绪没有军权，只能坐以待擒，被囚禁瀛台。
有学者查阅1907，08年内务府档案，发现了当时光绪皇帝所阅读之书籍，部分如下：孟德斯鸠《论法的精神》严复《政治讲义》清水澄《政治法泛论》《国债论》《欧洲财政史》……由此可见，光绪在瀛台软禁期间并没有沉沦颓废，他预计自己可以在慈禧去世后破除最后的阻力全面亲政，他一直在为清朝的改革作知识储备。只是慈禧没有给他这个机会，光绪在慈禧去世的前几个小时去世，死于砷中毒，光绪是被毒杀的。
为什么会是这样？因为光绪只是同治皇帝的代替，是个影子武士，只是慈禧控制朝政的幌子，当真正的幕后要离开的时候，幌子也就失去了存在的意义。——时间回到1875年，当这个幌子出现的时候，他还只是一个四岁小孩。慈禧看着这个孩子，她可能无论如何也想不到，这个替代人选、这个命中注定的幌子将来却是晚清几位帝王中思想最开明的一个。
戊戌政变后，戊戌变法的大部分举措被废止，只保留了建立大学这一项。此后中国许多精英，多受惠于此。从戊戌变法之后的走向看，清朝在1906年预备立宪，那个时候光绪还在世。预备立宪从某种程度上来说是清朝对戊戌变法的变相肯定，也是清朝被迫向近代君主立宪转向的第二次尝试。但清朝责任内阁制度在1911年才确立，那个时候无论光绪还是慈禧都去世了。
而且责任内阁成员多为满洲八旗勋贵，实际上象征性大于改革性。这些不利举措最终导致清朝向近代君主立宪体制转向的失败，引发了资产阶级革命及清朝灭亡。戊戌变法的失败，证明了清朝无法从一个封建王朝过渡到近代化君主立宪政府。在当时，爱新觉罗家族是中国君主立宪唯一的选择，戊戌变法的失败也证明了中国无法走近代化君主立宪之路。
